به گزارش اداره کل روابط عمومی سازمان نظام پزشکی در متن نامه شورای عالی نظام پزشکی خطاب به دکتر ابراهیم رئیسی آمده است: «با توجه به اینکه مطابق برنامه ششم توسعه و قانون بودجه امسال، اجرای نسخه نویسی الکترونیک الزامی بوده و مهلت تکمیل روند الکترونیک شدن نسخ، ابتدای دی ماه سال جاری در نظرگرفته شده است و با عنایت به این که نسخه نویسی و نسخه پیچی الکترونیک فقط بخشی از طرح ارایه خدمات الکترونیک سلامت بر اساس ماده ۷۴ قانون ششم توسعه می‌باشد، به عنوان نمایندگان منتخب جامعه پزشکی کشور موارد مهم و حیاتی ذیل را درخصوص طرح مذکور به منظور پیشگیری از بروز معضلات عدیده اجرائی شدن ناقص، ناکارآمد و بدون برنامه آن به اختصار به محضر حضرتعالی منعکس می نماییم. 

 مطابق ماده ۷۴ قانون برنامه ششم توسعه، صراحتا بیان گردیده که وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی مکلف است ظرف دو سال نسبت به استقرار سامانه پرونده الکترونیک سلامت ایرانیان و سامانه های مراکز خدمات سلامت اقدام نموده و پس از استقرارکامل سامانه، با اولویت اجرای برنامه پزشک خانواده و نظام ارجاع، به‌صورت یکپارچه، مبتنی بر فناوری اطلاعات و با حفظ حریم خصوصی افراد و امنیت داده ها، خدمات بیمه شدگان را در تعامل با پرونده الکترونیک سلامت ساماندهی کند در حالی که: 

 ۱- هنوز اقدامات قانون لازم جهت اخذ « گواهی ارزیابی امنیتی افتا » روی سامانه های نسخه الکترونیک بیمه های سلامت و تامین اجتماعی انجام نشده و مرکز راهبردی افتا صراحتا سامانه های مذکور را فاقد امنیت سایبری لازم اعلام نموده است. (بازه زمانی لازم جهت این مهم بین شش ماه تا یک سال تخمین زده می‌شود.) 

 ۲- موضوع مهم « امضای الکترونیک نسخ » که تصریح همین قانون می باشد، متاسفانه هنوز عملیاتی نشده است و در عمل تبدیل به یوزر و پسورد برای ورود پزشکان به سامانه های بیمه شده است. لازم به ذکراست که طبق قانون بودجه سال جاری، پرداخت نسخه الکترونیک از سوی سازمان‌های بیمه گر، منوط به تحقق امضای الکترونیک است که این مورد تاکنون محقق نشده است.

۳- پیش از اجرای نسخه الکترونیک ضروری است که در ابتدا برای هر شهروند ایرانی پرونده الکترونیک سلامت تشکیل واجرائی گردد درحالی‌که هنوز این مهم و نیز اجرایی نمودن بارگذاری کدینگ خدمات سلامت توسط وزارت بهداشت در سامانه های فعلی بیمه ها تاکنون به‌صورت دقیق و کاملی صورت نگرفته است بنابراین امکان تبادل اطلاعات پزشک معالج و مراکز درمانی با پرونده الکترونیک سلامت عملا وجود ندارد. 

۴- وجود کدهای چندگانه دارو و تطابق دستی کدها توسط پرسنل پشتیبانی پلتفرم‌های نسخ الکترونیک، قطعا بدون خطا نیست و بسیار امکان دارد که سبب مغایرت دارو با تجویز پزشک معالج شده که به راحتی می تواند جان و سلامتی بیماران را در موارد بیشماری به خطر اندازد و موارد مشابهی نیز در مورد کدهای سایر خدمات تشخیصی درمانی مانند رادیولوژی، آزمایشگاه و فیزیوتراپی وجود دارد.

5- با توجه به مشکلات زیرساختی موجود در زمینه فضای مجازی مانند پهنای باند و سرعت اینترنت حتی در صورت تحقق صد در صدی برنامه نسخه الکترونیک ، لازم است که بیمه ها با در نظر گرفتن مواردی نظیر قطعی برق و اینترنت، حملات سایبری، اختلالات فنی که موجب قطع موقت خدمات می‌شود، درنظر گرفتن مناطقی که دسترسی مکفی به زیرساختهای ارتباطی یا سخت افزاری لازمه را ندارند، مشکلات همکاران مسن و باسابقه پزشک درهمراه و هم‌راستا شدن با برنامه و یا مراکز بیمارستانی ودرمانگاههای شبانه روزی به علت مراجعین اورژانسی و ضیق وقت این مراکز دررسیدگی به مشکلات بیماران وتعداد بالای مراجعین این قبیل مراکز و زمانبربودن فعلی ارائه خدمت در این چارچوب  و ... مجاز به انجام حداقل سی درصد نسخ به صورت کاغذی و فیزیکی علاوه بر نسخ الکترونیک باشند. 

شایان ذکر است طبق قانون بیمه همگانی مصوب سال ۱۳۸۳ آحاد ملت باید تحت پوشش بیمه قرار گیرند. 

متاسفانه علاوه بر اینکه هیچ ‌یک از پیش نیازهای اجرای طرح نسخه نویسی الکترونیک که در متن قانون صراحتا بیان شده در شرایط فعلی بطور کامل محقق نشده ، در طراحی و بهره برداری نرم افزاری سایت نیز کاستی های بسیار فراوانی مشهود است که عدم استفاده از نظرات کارشناسان متخصص در انجمنهای تخصصی پزشکی و سازمان نظام پزشکی باعث شده تا مسائل حیاتی و مهمی مانند نیازهای کاربران تخصصی، مصلحت بیماران ، مدیریت اقتصادی سامانه ، مدیریت زمان، سهل الوصول بودن  دسترسی و  ایجاد یک سامانه جامع یکپارچه برای همه بیمه ها و ... در نظر گرفته نشده و اجرای این طرح ناقص، ناکارآمد و شتابزده ، آن هم به صورت فراگیر و کشوری درعمل غیرممکن به نظر رسیده و در آستانه یک بحران بزرگ و خطرناک‌ هستیم.

در پایان با در نظرگرفتن جمیع جهات و همچنین وجود اشکالات اساسی ذکر شده در سامانه های متفاوت موجود، اجرای شتابزده این طرح  قطعا منجر به بروز نارضایتی در سطح وسیعی برای بیماران ، پزشکان ، کلیه مراکز و موسسات درمانی دولتی و خصوصی و  اعضای سازمان نظام پزشکی سراسر کشورخواهد شد و لذا به اتفاق آرا خواستار به تعویق افتادن اجرای فراگیر این طرح به مدت حداقل شش ماه تا یک سال تا زمان رفع نواقص و اشکالات اساسی موجود و نیز پذیرش بخشی از نسخ بصورت کاغذی و فیزیکی در کنار نسخ الکترونیک ، اهتمام در جهت اجرایی نمودن کلیه پیش نیازهای قانونی این برنامه و اجرای گام به گام طرح، مطابق با اولویتهای ماده ۷۴ قانون ششم توسعه بوده تا درشرایط اقتصادی، اجتماعی و حساس فعلی کشور که اتخاذ تصمیمات هوشمندانه تری جهت جلوگیری ازسوء استفاده مغرضین و دشمنان نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران احساس می گردد، جامعه پزشکی و مردم شریف ما خدای ناکرده دچار تنش و نگرانی مضاعف و تبعات منفی ناشی از آن نشوند.»