پس از پیروزی انقلاب اسلامی، شهرام و سایر مارکسیست‌شده‌های سازمان با نام سازمان «پیکار در راه آزادی طبقه کارگر» در برابر انقلاب قرار می‌گیرند. یکی از اعترافات افراخته درباره شهرام که پس از انقلاب مورد توجه قرار می‌گیرد، ایده‌ ترور شهید بهشتی است که سایت موسسه مطالعات و پژوهش های سیاسی، تصویر اعتراف وحید افراخته را برای نخستین بار منتشر کرده است.

در اعترافات افراخته می‌خوانیم:

«پس از مارکسیست‌شدن سازمان، یکی از مسائل عمده‌ گروه را مساله‌ی مذهبی‌ها تشکیل می‌داد. این مساله از دو جنبه دارای اهمیت حیاتی برای سازمان می‌باشد:

الف - ترس از متشکل و سازمان‌یافتن مستقل مذهبی‌ها که مسلّما تا مدت‌ها برای سازمان شاخ خواهند شد و به احتمال زیاد به مبارزه با سازمان برخواهند خاست و چه بسا بر سازمان موضع مسلط و غالب پیدا کنند.

ب - محروم‌شدن از امکانات وسیع، انسانی، تدارکاتی، مکانی و اطلاعاتی آنها. بطور مشخص برای محسوس‌شدن این مشکلات می‌توان مثال‌های زیر را بخاطر آورد:

الف. از هم پاشیده‌شدن گروه الکترونیک

ب. خطر از هم پاشیده‌شدن گروه شیمی

پ. تصفیه یا اعدام عناصر مذهبی و و عواقب سوء تبلیغاتی آن برای گروه

ت. کنار رفتن یا منفعل‌شدن بسیاری از سمپات‌ها

ث. صرف میزان زیادی از انرژی سازمان برای مبارزه ایدئولوژیک

ج - مشکلاتی که در جذب افراد از زندان آزادشده پیش آمد و بالاخره هم حل نشد؛ در حالی که این عناصر از نظر سیاسی - نظامی کمک زیادی به گروه می‌توانستند بکنند ولی حالا یک منفعل تشکیلاتی شده‌اند (زین‌العابدین حقانی، فرهاد صفا، محمد اکبری [آهنگر]، محمد صادق و محسن طریقت)

چ- ایجاد تضاد ایدئولوژیک بین سازمان و عناصر خارج از کشور که قضیه را تا حد ضرورت خیلی فوری اعدام شیخ حسین روحانی حاد کرده است.

ح- ترس از قطب‌شدن عناصری مانند دکتر بهشتی. شهرام در مورد او می‌گفت: باید از او ترسید؛ فردی است بسیار سیّاس، باهوش و جاه‌طلب؛ در آرزوی جانشینی خمینی است؛ او به آسانی با رژیم علیه مجاهدین متحد خواهد شد. تنها راه چاره، کشتن اوست؛ منتها به طوری که رد باقی نگذاریم؛ مثلا زیر ماشین گرفتن او!...»

طرح سازمان مجاهدین خلق برای ترور آیت‌الله بهشتی در سال ۱۳۵۴، موضوعی است که احمدرضا کریمی هم در کتاب «تقی شهرام به روایت اسناد» به آن اشاره کرده بود. احمدرضا کریمی در خاطراتی که از دوران زندان خود با تقی شهرام داشته درباره انگیزه ترور شهید بهشتی می‌گوید: «یک بار از تقی شهرام پرسیدم که چرا اینقدر روی دکتر بهشتی حساسیت داشتید؟ شهرام گفت من مطمئن بودم که اگر بهشتی دخالت نمی‌کرد، می‌توانستیم باز هم روحانیون را قانع کنیم تا از ما حمایت کنند و امکاناتشان را در اختیار ما بگذارند؛ بهشتی حتی روی طالقانی هم تأثیر می‌گذاشت. من قراین محکم داشتم که خط قطع حمایت از ما بطور جدی از سوی بهشتی مطرح شده و به وسیله حاج‌طرخانی انتشار یافته و جامه عمل پوشیده است و اگر او نبود وضع فرق می‌کرد.»