يكي از ابتكارات ايران براي اين دور از مذاكرات، قرار دادن قيد «محرمانه»، براي مفاد پيشنهادهايش بود. با اعلام اين خبر در بيانيه‌پاياني و كنفرانس خبري اشتون و محمدجواد ظريف‏، توجهات نسبت به آنچه «پشت درهاي بسته» در ژنو صورت گرفت، بيشتر شد.
اولين گمانه‌زني‌ها را دبكا فايل، نشريه‌اي كه به لايه‌هاي امنيتي اسرائيل متصل است، منتشر كرد. اين پايگاه اينترنتي در گزارش خود نوشت كه پيشنهاد ايران داراي ٧ محور زير است.
۱- ایران از حق غنی سازی اورانیوم به هیچ وجه و تحت هیچ شرایطی کوتاه نمی آید.
۲- ایران حاضر است مقداری از اورانیوم غنی شده خود را در یک بازه زمانی مشخص تسلیم کند.
۳- سطح غنی سازی ایران به سطحی پایین تر – احتمالا ۵ درصد – تقلیل می یابد.
۴- ایران غنی سازی ۲۰ درصدی را کاهش می دهد اما آن را برای تولید ایزوتوپ های دارویی و تحقیقاتی حفظ می کند. این بخش به گفته دبکا دچار ابهام در بیان بوده است.
۵- ایران سرانجام به بازرسان آژانس اجازه بازدید از سایت نظامی پارچین را خواهد داد.
۶- ایران پروتکل الحاقی را می پذیرد اما اجازه نخواهد داد سایت هایی که به عنوان سایت هسته ای اعلام نشده اند مورد بازرسی قرار گیرند. عراقچی تاکید کرده است که این اتفاق تنها زمانی رخ می دهد که تحریم ها رفع شده باشند.
۷- تهران قول می دهد که رآکتور شکافت پلوتونیوم در اراک را به عنوان جایگزین غنی سازی اورانیوم نسازد.

نشريه سوئيسي «باسلر سايتونگ» نيز در گزارشي به گمانه‌زني درباره مفاد پيشنهاد ايران پرداخت و  دو پيشنهاد اصلي ايران را «كاهش سطح غني‌سازي» و «كاهش تعداد سانتريفيوژها» معرفي كرد. ‌ 

نگراني‌هاي از مذاكرات محرمانه در داخل
اما محرمانه بودن اين مذاكرات نگراني‌هايي را هم در ايران به وجود آورد‏، و حساسيت‌ها را بيشتر كرد. خبرگزاري فارس با ترجمه و انتشار گزارش پايگاه خبري وابسته به محافل امنيتي اسرائيل، نوشت: «دست کم دو مورد از ۷ مورد فوق، یعنی موارد ۲ و ۷، مخالف آن چیزی است که مقامات ایرانی در اظهارنظرهای عمومی خود بر آن تاکید کرده اند.» اين درحالي كه پايگاه نهادهاي امنيتي اسرائيلي (دبكافايل) در خبر ديگري گفته بود كه «مقامات آمریکایی جزئیات پیشنهاد ایران را در اختیار مقامات اسرائیلی قرار نداده‌اند»

عماد افروغ نيز پنج‌شنبه شب در حالي كه در مقابل حسام‌الدين آشنا در برنامه تلويزيوني نشسته بود، نگراني خود را اينگونه به زبان آورد كه «مساله هسته ای پشت درهای بسته حل نمی شود». افروغ در بخش ديگري از صحبت‌هايش گفت: «ما باید از طریق چهره هایی که مورد اعتماد تر هستند، خیالمان راحت شود که مذاکرات در نهایت پشیمانی به بار نیاورد.» و اضافه كرد: «مذاکره کننده باید بداند چشمان ناظری دارد و طرف مذاکره هم متوجه این ماجرا شود! » او همچنين تاكيد داشت در صورتي كه قرار است «جام زهر» بنوشيم، نياز نيست كه آن را به مردم «جام عسل» معرفي كنيم.

برخي افراد كه از هويت آنها هيچ اطلاعي در دست نيست، با راه‌اندازي كميته‌اي با نام «صيانت از منافع ملي ايران» و  يك سايت اينترنتي از مردم خواستند تا در «جمعه شفافيت و صداقت با مردم» به راهپيمايي پس از نماز جمعه بپيوندند. گروه موسوم به «كميته صيانت از منافع ايران» در بيانيه‌ خود آورده: «این کمیته از ملت شریف ایران می خواهد در سلسله راهپیمایی های «مرگ بر آمریکا» طبق روال گذشته جمعه (۲۶ مهرماه) را به نام جمعه «صداقت و شفافیت با مردم» نامگذاری کرده و مطالبه رسای خود مبنی بر درخواست روشنگری از پیشنهادات ایران و توافقات کلی صورت گرفته در مذاکرات را به گوش مسئولین و رسانه ها برسانند.» اين گروه روز گذشته پس از نماز جمعه در تهران با حمل بنرهايي خواستار اين شفافيت شدند.
همچنين حسين شريعتمداري در سرمقاله امروز روزنامه كيهان، با استناد به آنچه او «ذوق‌زدگي طرف غربي» مي‌خواند، نوشت كه دليل اين امر «امتیازات برجسته‌ای» است که برای دريافتش براي «آنها غیرمنتظره بوده است». او تاكيد كرده كه علت محرمانه بودن مذاكرات و پيشنهادات به اين خاطر بود كه «حریف امتیاز- و یا قول امتیاز- گرفته و در مقابل هیچ امتیازی نداده»

چنان استوار مذاکره کرده‌ایم که نگران افشای مطالب نیستیم
اما وزيرخارجه در متني كه صبح روز جمعه آن را منتشر كرد، به اين ابهامات پاسخ داد. ظريف قاطعانه گفت: «محرمانه ماندن مذاکرات به معنای واهمه داشتن از افشای محتوای آن نیست. اطمینان داشته باشید که هیچ نگرانی در مورد اعلام عمومی آنچه در مذاکرات طرح شد نداریم.» به اعتقاد ظريف «تنها مفاد مذاكراتي بر روي آنتن‌ها مي‌رود كه اميدي به نتيجه آن نباشد»

ظريف تاكيد كرده: «مطمئن باشید که بنده و همکارانم آن چنان استوار و منطقی مذاکره کرده ایم که هیچ نگرانی از افشای مطالب مذاکرات نداریم. ولی چون برای رسیدن به تفاهم وارد این عرصه دشوار شده ایم و نه برای افشاگری و برد زودگذر و کم فایده تبلیغاتی، لذا جزئیات مذاکره را، با کسب اجازه از محضر شریف مردم، محرمانه نگاه می داریم. » 

گفته‌هاي خيالي «منابع آگاه» 
ميان نوشته ظريف نكته‌ مهمي نهفته است. نكته‌اي كه وزيرخارجه با «ظرافت» آن را در شعرمولانا پنهان كرده. برخي رسانه‌هاي به نقل از «منابع آگاه» در ايران مدعي بودند، از مفاد پيشنهادها اطلاع پيدا كنند. اما ظريف اين مفاد منتشر شده را «خيالي» خوانده و آنها از نظر «محتوا و شكل» بي‌ارتباط با طرح‌ها و بحث‌هاي جلسه مي‌داند. ظريف مي‌نويسد: «منابع موثق رسانه ها خودشان هم طرح را ندیده اند و بهتر است اعتبار خودشان را با ادعای اطلاع از طرحۀ خدشه‌دار نکنند.» او با آوردن اين بيت از مولانا كه «سر غیب آن را سزد آموختن / که ز گفتن لب تواند دوختن» قصد دارد تاكيد كند‏ كه اين طرح حتي در لايه‌هاي داخلي قدرت در جمهوري اسلامي نيز‏، تنها در اختيار افرادي قرار گرفته كه «توان دوختن لب از سر غيب» را دارند.