بعد از روی کار آمدن تیم جدید سیاست‌گذاری در دانشگاه آزاد اسلامی امیدها برای حل مشکلات این نهاد آموزشی و علمی تقویت شد، چرا که علی‌الظاهر اختلافات میان این دانشگاه با نهادهای رسمی بالادست آن پایان گرفته و زمینه برای رشد و شکوفایی بیشتر آن فراهم شده بود. به ویژه باید گفت که دیدگاه‌های برخی مسئولان جدید مبنی بر ضرورت سیاست‌گذاری یکسان و پایان دادن به مدیریت جزیره‌ای در واحدهای پراکنده‌ی دانشگاه آزاد اسلامی، بسیار امیدبخش بود.
برخی شواهد همچون اقدام برای طرح تجمیع استانی و راه‌اندازی سامانه‌ی متمرکز پرداخت حقوق نیز نشان از عزم جزم مسئولان در محقق کردن یکپارچگی در دانشگاه آزاد اسلامی داشت. متاسفانه باید اقرار کرد که پس از گذشت یک سال از شروع آن تحولات مبارک، اکنون مشخص شده است که در این دانشگاه در همچنان بر همان پاشنه‌ی قدیم می‌چرخد و ظاهرا وجود لابی‌های قدرتمندی در مراکز تصمیم‌گیری مانع از عملی شدن اقداماتی شده است که هدف آن ها ایجاد وحدت رویه در دانشگاه آزاد اسلامی و رفع تبعیض‌های ناروا از استادان و کارمندان واحدهای مختلف آن بوده است.
بدون مقدمه باید گفت که در حال حاضر اصلی‌ترین معضل دانشگاه آزاد اسلامی حاکم شدن گونه‌ای نابرابری میان واحدهای متمول و توانمند عمدتا مستقر در مرکز استان آن از یک سو و واحدهای کوچک و دور از مرکز آن از سوی دیگر است. واقعیت تلخ آن است که برخی از این واحدها که در حال حاضر به واحدهای زیانده مشهور شده‌اند، حتی از عهده‌ی اموری بدیهی همچون پرداخت حقوق ماهیانه به کارکنان خود بر نمی‌آیند. بنابر بر اخباری که از این واحدها به گوش می‌رسد، در تعدادی از آن ها تنها به پرداخت بخشی از حقوق ماهیانه اکتفا شده و در برخی نیز پرداخت حقوق ماهیانه چندین ماه است که به تعویق افتاده است.
تاسف‌آور این که رویکرد برخی مسئولان واحدهای بزرگتر در برخورد با مشکلات و مصائب واحدهای کوچکتر نشان از نوعی انفعال دارد که به هیچ وجه زیبنده‌ی نهادی که اکنون موسسه‌ای رسمی و حاکمیتی محسوب می‌شود نیست. اقدام مسئولان سازمان مرکزی در تشویق واحدهای دانشگاه برای درآمدزایی، اگرچه درست و بجاست، اما مقصر قلمداد کردن واحدهای زیانده و یا امر به این واحدها برای درآمدزایی با توجه به سیاست های تمرکزگرایی که از دیرباز در این دانشگاه اجرا می‌شده چندان زیبنده به نظر نمی‌آید. واحد دانشگاهی که مسئول آن همواره از سوی مرکز منصوب شده و تمامی برنامه‌های عمرانی و غیرعمرانی‌اش باید به تصویب مرکز می‌رسیده و ظرفیت پذیرش دانشجویش را مرکز تعیین می‌کرده و خلاصه بدون نظر مرکز نمی‌توانسته آب بخورد و البته بخشی از درآمدش هم به جیب مرکز واریز می‌شده، مرتکب چه قصوری شده که به تاوان آن باید مورد بی‌مهری و بی‌توجهی قرار گیرد؟
در این شرایط به نظر می‌رسد که رسیدگی به وضعیت وخیم مالی برخی واحدهای این دانشگاه و اعضای هیات علمی و کارمندان آن، باید اولویت اول این سازمان باشد و در مقابل اجرای برخی طرح‌ها که نقطه‌ی مقابل یکپارچه‌سازی واحدهای پراکنده است _همچون جذب هیات علمی جدید علیرغم وجود تعداد زیادی هیات علمی مازاد و باسابقه در واحدهای دور از مرکز و زیانده_ جدا نیاز به تجدید نظر دارد.