صادق زیباکلام، استاد علوم سیاسی دانشگاه تهران و فعال سیاسی اصلاح‌طلب، در خصوص نامه اخیر سید محمد موسوی خوئینی‌ها، به نامه‌نیوز گفت: «آقای موسوی خوئینی‌ها به‌هیچ‌وجه نمی‌تواند در جایگاه رهبری اصلاحات قرار بگیرد و اگر صدبار دیگر نامه بنویسید در این اصل تغییری ایجاد نمی‌شود و آقای خوئینی‌ها اگر قرار است با اطلاع آقای خاتمی یا بدون اطلاع او، سخنگو یا لیدر جنبش اصلاحات باشد، یک فاجعه برای اصلاحات رقم خورده است و عقبگردی بزرگ برای این جریان است و به نوعی لیدری موسوی خوئینی‌ها تیر خلاص به شقیقه جنبش اصلاحات است».
او ادامه داد: «بزرگ‌ترین خاستگاه اصلاحات دموکراسی‌خواهی و آزادی خواهی است و این در حالی است که اساسا خوئینی‌ها در طول عمرش هیچگاه هیچ اعتقادی به چنین مفاهیمی نداشته است؛ نه پیش از انقلاب که علیه رژیم سابق مبارزه می‌کرد و تا سر حد اعدام هم رفت و چه بعد از انقلاب و در دهه شصت که مسئولیت‌های تصمیم‌گیری مهمی بر عهده داشت و چه در دوران اصلاحات و چه امروز که مدام نامه و یادداشت می‌نویسید هیچ گاه، ذره‌ای و لحظه‌ای به آزادی و دموکراسی باور نداشته و ندارد».
این استاد دانشگاه با طرح پرسشی از خوئینی‌ها بحث خود را اینگونه ادامه داد: «من از آقای خوئینی‌ها یک پرسش مهم می‌پرسم؛ آیا انتخابات در یک دهه اخیر و حتی دو دهه اخیر تأثیری بر روند تقویت دموکراسی داشته است یا خیر؟ آقای خوئینی‌ها اساسا هیچ پاسخی نمی‌تواند به این پرسش بدهد زیرا او اصلا به چنین موضوعاتی هیچ‌وقت فکر هم نکرده است».
زیباکلام کلام در پایان گفت: «آقای خوئینی‌ها با هر انگیزه‌ای مردم را به مشارکت در انتخابات دعوت کرده باشد، بی‌تردید به دنبال بازکردن فضای سیاسی و توسعه دموکراسی‌خواهی در ایران نیست زیرا او به طور کلی مقوله‌ای به نام آزادی و دموکراسی را درک نمی‌کند».