فرهنگستان علوم در زمان ریاست‌جمهوری آقای هاشمی‌رفسنجانی راه‌اندازی و تأسیس شد. ایشان طرح را به شورای عالی انقلاب فرهنگی بردند و ده _ پانزده نفر اعضاء توسط شورا تعیین شدند که هسته اولیه فرهنگستان علوم را تشکیل دادند، اسم این تشکل مجمع عمومی فرهنگستان گذاشته شد.
اساسنامه فرهنگستان علوم هم توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی تصویب شد و فرهنگستان کار خود را آغاز کرد. این مجمع عمومی در خود فرهنگستان علوم طبق قانون جدید حق داشت که اعضای جدید بپذیرد، یعنی پذیرش اعضای جدید فرهنگستان به عهده این مجمع عمومی بوده است، در تمام سال‌های گذشته همین طریق ادامه پیدا کرده است، و اکنون تعداد اعضا پیوستۀ فرهنگستان علوم در حدود پنجاه نفر است.
در سال 1388 به علت برخی تحولات سیاسی که در کشور اتفاق افتاد، رئیس فرهنگستان پزشکی تغییر کرد، و تعدادی از افراد را به شورای عالی انقلاب فرهنگی آوردند که مورد تصویب قرار گرفت، ولی حتی همین فرهنگستان پزشکی هم از آن زمان به بعد هر عضوی را که پذیرفته، توسط مجمع عمومی پذیرفته است.
فرهنگستان علوم هم اگر در سال‌های گذشته عضو جدیدی پذیرفته با تصویب مجمع عمومی بوده است.
اخیراً جناب آقای دکتر رضا داوری اردکانی به علت بیماری از ریاست فرهنگستان علوم استعفا دادند. جناب رئیسی مسئله را به شورای عالی انقلاب فرهنگی بردند و رئیس جدیدی انتخاب شد و تعدادی را هم به‌عنوان عضو جدید مطرح و تصویب کردند[که هنوز اعلام رسمی نشده است.] این کار خلاف عرف جهانی آکادمی‌های علوم است.
اعضای آکادمی‌های علوم توسط مجمع عمومی‌شان تصویب می‌شود. بنده خودم عضو آکادمی علوم جهان اسلام هستم و در آنجا دقیقاً به این طریق عمل می‌شود. چند فرهنگستان کشورهای مختلف مانند مالزی، رومانی و ... را هم بازدید کرده‌ام، این گونه نیست که عده‌ای از طرف دولت انتخاب شوند و به‌عنوان عضو فرهنگستان معرفی شوند.
اگر شورای عالی انقلاب فرهنگی بخواهد این قضیه را تصویب کند، من ایرادی نمی‌بینم، ولی باید اعضاء یا رئیس توسط مجمع عمومی فرهنگستان معرفی شود. حال اگر شورای عالی انقلاب فرهنگی تصویب کند، امر جداگانه‌ای است که ایرادی در آن نمی‌بینم، ولی چون اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی اشرافی به وضعیت فرهنگستان علوم ندارند، اینکه بیایند و اعضایی را خودشان انتخاب و تصویب کنند یا رئیس را خودشان انتخاب کنند، خلاف عرف آکادمیک است.
واقعا انتظارم از جناب آقای رئیسی بیش از این بود، انتظارم این بود که از مجمع عمومی فرهنگستان نظرخواهی می‌کردند که چه کسی را برای ریاست پیشنهاد می‌کنند و چه کسانی را به‌عنوان اعضای جدید انتخاب می‌کنند که به اعضاء اضافه شود، ولی این کار را انجام ندادند و این خلاف عرف است.
در ضمن می‌خواهم از این فرصت استفاده کنم و بگویم: روشی که جناب آقای رئیسی در پیش گرفته‌اند که مشورتشان با افراد در سطح تخصصی نیست، روش خوبی نیست. این کار نهایتاً به ضرر خودشان و کشور است. واقعاً باید مشورت کرد. برای تصمیم‌گیری‌های کشور باید با اقتصاددان‌های درجه اول مشورت کرد. با جامعه شناسه‌ای درجه اول، با حقوق‌دانان درجه اول مشورت کرد. اینکه شوراهای مشورتی یا افراد مورد مشورت افراد معمولی باشند، و مشاوره‌ها با افراد سطح بالای تخصص و تجربه نباشد خلاف عرف است و واقعاً درست نیست. از تجربه کشورهای توسعه یافته استفاده کنند و ببینند که در کشورهای توسعه یافته، رئیس جمهور، وزرا را چگونه انتخاب می کند و ... . بنابراین واقعاً انتظارم این است که این روش تغییر کند و از مشاوران و متخصصان واقعاً نخبه و خبره استفاده شود.
روش فعلی برای تعیین اعضاء و رئیس فرهنگستان‌ها نباید دامه پیدا نکند، این کار خلاف عرف فرهنگستان‌های جهان است. جناب آقای رئیسی که به فعالیت‌های فرهنگستان‌ها اشراف ندارند. ایشان با چند نفر از اعضای فرهنگستان علوم آشنایی کافی دارند و آنها را می شناسند؟! فرهنگستان جایی است که از افراد نخبه کشور تشکیل شده است اگر فردی می‌خواهد به این اعضا اضافه شود واقعاً باید از نخبگان کشور باشد. بنابراین این روش اخیر را درست نمی‌دانم و خلاف عرف جهانی فرهنگستان‌ها می‌دانم و توصیه من به جناب آقای رئیسی این است که واقعاً با نخبگان و خبرگان مشورت کنند.
بسیاری از اقتصاددان‌های کشور را می‌شناسم، که سخنرانی‌هایشان را شنیده‌ام و مقالاتشان را خوانده‌ام، این نخبگان از بی‌توجهی دولت به سخنانشان انتقاد دارند. نتیجه تصمیمات اقتصادی دولت را هم می‌بینم که چقدر به قشر ضعیف فشار وارد می‌کند، در صورتی که اگر با مشورت کارشناسان خبره و نخبه صورت می‌گرفت این وضعیت رخ نمی‌داد. علی‌الاصول باید تصمیمات با مشورت نخبگان واقعی کشور صورت گیرد.