شاید بتوان قدمت اختلاف ایرانیان با برخی از یهودیان را به دوره سلطنت هخامنشیان، بالاخص در عصر خشایارشا دانست که در آن برهه منافع ملی ما توسط برخی از یهودیان حاضر در دربار در خطر افتاده بود. در نتیجه این اتفاق؛ بخشی از مردم ایران به همراه سرداران و فرماندهان جنگی علیه این یهودیان قیام کرده و به تقابل پرداختند. موضوعی که خشم ایرانیان را برانگیخت و موجب شد که قیامی علیه‌شان شکل گیرد، مربوط به نوع حکومت‌داری آنان با نفوذ به دستگاه قدرت و آن حجم بالای مالیات بود که از مردم ایران می‌گرفتند. از این رو این بخش از تاریخ که مربوط به عصر هخامنشیان است را می‌توان اولین مرحله تقابل ایرانیان با بخشی از یهودیان دانست.
برای درک بهتر این اختلافات که بین ایرانیان و بخشی از یهودیان وجود دارد شاید بهتر باشد که به کتاب تاریخ جامع یهودیت، به قلم حبیب لوی رجوع شود. او خود یک صهیونیست‌های ایرانی است که در کوچاندن بخشی از یهودیان از ایران به اراضی اشغالی نیز سهم بسزایی داشته است. گفتنی است در نقد این اثر، آقای مسعود رضایی نیز کتابی با عنوان تاریخ گزینشی اشرافیت یهود دارد که مطالعه این دو اثر به خوبی ریشه‌ها و نقطه‌های آغازین اختلاف ایرانیان با برخی یهودیان را روشن می‌سازد.
این اختلاف ایرانیان با برخی از یهودیان ادامه داشت تا اینکه توطئه‌ای رخ داد و کشور جعلی اسرائیل شکل گرفت. در آن زمان علمای ایرانی از اولین کسانی بودند که در برابر این فتنه واکنش نشان دادند و موضع گرفتند. آیت‌الله کاشانی جزو افرادی بود که با نامه نگاری سراسری از دیگر علما خواست با برپایی کنفرانسی در برابر این موضوع موضع بگیرند. همچنین شهید نواب صفوی نیز از دیگر علما و مبارزانی بود که در سفر خود به مصر و اردن نسبت به تشکیل اسرائیل سخنرانی تندی داشت و مسلمین را به مقابله با آنها فراخواند.
از دیگر سو جلال آل احمد؛ به عنوان یک روشنفکر ایرانی؛ در کتاب سفر به ولایت عزرائیل به خوبی این خشم و کینه از اسرائیل را نشان می‌دهد. او دسته صهیونیستی هاگانا را با دسته اس‌اس نازی ها برابر می‌داند و به اشغالگری اسرائیلی ها در اراضی فلسطینی اشاره می‌کند.
مردم ایران از ابتدا مخالف اسرائیل و سیاست‌های اشغالی آن بودند؛ نکته مهم این است که در زمان پهلوی چندان فرصتی برای ابراز این مخالفت به شکل علنی فراهم نبود. از سویی اسرائیل حتی در زمان پهلوی و با محمدرضاشاهی که به نوعی با او در اتحاد بود قرار دادهایی بست که نتیجه‌اش ضربه به ایران بود. ورود بذرهای آفت زده شده به ایران و خسارت به زمین ها زراعی ایران و همچنین گرفتن پول از ایران در عوض ساخت خط لوله گاز و انجام ندادن پروژه نمونه‌ای از این اقدامات ضد ایرانی اسرائیل در قبل از اسرائیل است.