این مسجد در دورهٔ شاه عباس دوم به دست پزشک او حکیم محمد داوود در محل ویرانه‌های مسجد جامع دیلمی جورجیر یا مسجد صاحب اسماعیل بن عباد از قرن چهارم هجری بنا شده‌است. کتیبه‌های سردر‌ها و ایوان‌های داخل این مسجد به سال‌های ۱۰۶۷ تا ۱۰۷۳ هجری قمری مورخ است و آن‌ها را محمدرضا امامی خوشنویس معروف عصر صفویه نوشته است. سردر مسجد جوجیر در شمال غربی این مسجد قرار دارد. مسجد دیلمی جورجیر «مسجد جامع صغیر» نام داشته و در نیمهٔ دوم قرن چهارم هجری مسجدی زیبا و باشکوه بوده‌است.