به مبناگرایی به عنوان دستگاه فلسفی و منطقیِ امام راحل و رهبر انقلاب اسلامی باید توجه داشت. در مقایسه با «انسجام گرایی» و سایر نگاه ها، مبناگرایی، یقینی تر و مبتنی بر اصول ثابت تر است. مهمترین رقیب مبناگرایی، انسجام‌گرایی است. این نگاه معتقد است که برای حصول یقین، نیازی به بدیهیات و مبانی نیست، بلکه واقعیت یقینی مانند یک پازل است که با کنارهم قرارگرفتن تکه ها و سازواری آنها شکل می گیرد. 

بر انسجام گرایی این انتقاد وارد است که یک داستان ضمن دروغ بودن و بی بهره بودن از صدق، اما می تواند منسجم باشد. اما مبناگرایی، در نظریه صدق خود، یقین گرا است و در معرفت شناسی خود، معتقد است که معرفت، باورِ صادقِ موجه است. مبناگرایی، اصول بدیهی را نقطه آغاز خود قرار می دهد و معتقد است می توان صدق یا کذب(درست و غلط) هر باور و گزاره و ایده ای را نشان داد و اثبات کرد.

مبناگرایی به ویژه با داشتن آرمان استدلال برتر، مانع شک‌گرایی و نسبی گرایی است و می گوید که می توان برتری یک نظام معرفتی بر نظام معرفتی دیگر را نشان داد. مهمتر از این، قائل به اصول ثابت و حقایق همیشگی است. این تکیه گاه مانع از آن است که یک مبناگرا بتواند از هر سیستم معرفتی یا سیاسی دفاع کند. در مقابل، یک انسجام گرا می تواند از سیستم حقیقت ستیز صهیونیسم و هر سیستم سیاسی و عقیدتی دیگر نیز دفاع کند، به صِرف این که منسجم باشد. بنابراین انسجام در این مشرب، وحدت طبیعی یا منطقی-عقلی نیست، بلکه صرفاً به منزله عدم تناقض است.

عالَم اجتماعی؛ مبناگرایی در مقابل بنیادگرایی
 
بنیادگرایی برخلاف مبناگرایی، قادر به ساختن بنا نیست. بنیادگرایی اگر بنایی هم بسازد، یا سست است یا اینکه مطابق نیاز زمان و مکان نیست. بنیادگرایی ملاحظاتی چون خواست و نیاز ساکنان یک بنا را در نظر نمی گیرد. در حالی که مبناگرایی آن هم در خوانش امام خمینی(ره)، نگاه معماری و ظریف و دقیق به نیاز محیطی و فردی و جمعی دارد. 

افزون بر این برتری بنایی و سازه ای، مبناگرایی متکی به سیستم استدلالی و عقل گرایانه است، در حالی بنیادگرایی استدلال ستیز و عقل گریز است.

با عنایت به مقدمه فوق و فهم مبناگرایی از حیث اجتماعی-سیاسی و معرفتی،  کتاب شیخ نعیم قاسم در خصوص امام راحل (کتابی تحت عنوان مبناگرایی و نواندیشی در راه و روش امام خمینی) قابل فهم تر و ارزشمندتر می شود.

شیخ نعیم قاسم در کتاب اندیشه‌برانگیزش در خصوص امام خمینی (ره)، بر مبناگرایی امام راحل در عین نواندیش‌بودن ایشان دست می‌گذارد و آن را می‌کاود. به عبارت اخری، به خوبی نشان داده که امام حکیم هم پایبند به اصول ثابت اسلام بود و هم بر مبنای همین اصول ثابت، خلاقیت مخصوص به خود داشت. هر چند تاریخ فقه شیعه و مکتب قم، تاریخ اجتهاد و مدیریت بنای امور جدید بر بنیاد اصول قدیم بوده اما امام راحل، با تدقیق و تعمیق نظریه ولایت فقیه، قلّه‌ی این تناسب و تعادل بوده است.کتاب شیخ نعیم قاسم(مبناگرایی و نواندیشی در راه و روش امام خمینی) و درایت او در تمرکز بر مهمترین کلید فهم اندیشه امام، نشان می دهد که شیخ مقاومت، مقامی اندیشگی و نگاهی عمیق به اسلام سیاسی و منظومه امام راحل دارد.