سایت جماران در مورد مخالفت حضرت امام خمینی (ره) با کالبدشکافی پیکر فرزندش حاج آقا مصطفی نوشت:

اول آبان ماه سال 56 بود که حاج آقا مصطفی خمینی، فرزند ارشد امام خمینی (س) به طرز مشکوکی به شهادت رسیدند. آنطور که از شواهد بر می آید، ایشان اجازه کالبد شکافی ندادند و فقط به هنگام شنیدن این خبر تلخ، آیه استرجاع بر زبانشان جاری شد. مرحوم آیت الله محمدرضا رحمت در این باره گفته است: 

ما می‌ دانستیم که ایشان به شهادت رسیده‌ اند. بر فرض اگر هم بدن ایشان را بررسی کنند می‌ فهمند که به شهادت رسیده است. ما وقتی جنازه را در پزشکی قانونی نجف دیدیم یقین کردیم که ایشان شهید شده است.

من شاید آخرین نفری بودم که با ایشان خداحافظی کردم. بعد از مجلس ختمی که در مسجد شیخ انصاری بود با ایشان خارج شدم و خداحافظی کردم. منزل ایشان روبروی مسجد شیخ بود و من هم باید سمت بازار می‌ رفتم، لذا روبروی خود مسجد خداحافظی کردیم و جدا شدیم. صبح آن روز قرار بود جنازه پسر مرحوم آیت الله نائینی از مسجد بهبهانی تشییع شود. من ساعت 8 برای تشییع جنازه حاضر شدم و دیدم هیچ کدام از رفقای ما نیستند. بعد، از یکی از دوستان شنیدم که حاج آقا مصطفی حال‌ شان به هم خورده و به بیمارستان منتقل شده و منتظر من است. ابتدا باور نکردم اما بعد به سرعت خود را به بیمارستان رساندم. آنجا که رسیدم آیت‌ الله بجنوردی و داماد آیت‌ الله امینی را دیدم که پشت در بیمارستان نشسته‌ اند. من که رسیدم از من پرسیدند امام با خبر شده است؟

پرسیدم چطور؟ گفتند جنازه در پزشکی قانونی است. من به پزشکی قانونی وارد شدم و قرار شد جنازه را در تابوت بگذاریم. من دیدم پای چپ ایشان سبز و کبود است و فقط انگشت شستش زرد است و پای راست ایشان هم درحال کبود شدن بود. ضمنا رگ پیشانی مرحوم هم داشت کبود می‌ شد. آنجا دیگر یقین کردیم که مسمومیت بوده و ایشان به شهادت رسیده است. مرحوم شیخ علی کاشف الغطاء که از علمای نجف و علاقه مندان حاج آقا مصطفی بود، وقتی ما برای بازدید ایشان رفته بودیم به ما گفت فلان دکتر به من گفته که اگر سید (یعنی امام) به من اجازه دهند من تشریح می‌کنم و ثابت می‌کنم که ایشان مسموم شده است. یعنی مسئله به این واضحی بود. اما امام اجازه ندادند.